3700 tahun setelah kilatan cahaya hijau misterius mengubah umat manusia menjadi batu, seorang remaja jenius bernama Senku Ishigami bangkit dan menemukan dirinya di dunia tempat di mana semua jejak peradaban manusia telah terkikis oleh waktu. Senku yang menyadari bahwa dirinya dibangkitkan dengan asam nitrat, menghidupkan kembali temannya yang bernama Taiju Oki dan teman sekelas mereka Yuzuriha Ogawa. Untuk membangun kembali peradaban mereka. Namun, Senku juga menghidupkan kembali seniman bela diri Tsukasa Shishio, yang menentang niat Senku dan memutuskan untuk menciptakan dunia baru yang bebas dari korupsi generasi lama.
Kejadian tersebut meningkat menjadi Perang Batu antara Kerajaan Ilmu Pengetahuan pimpinan Senku, yang mendapatkan sekutu yaitu suku manusia yang rupanya adalah keturunan ayahnya dan lima astronaut yang kembali ke Bumi setelah proses pembatuan, dan Kekaisaran Kekuatan yang didirikan Tsukasa dengan cara menghidupkan kembali orang-orang kuat yang menjadi batu. Setelah Kerajaan Ilmu Pengetahuan Senku menang, mereka akhirnya menghadapi musuh baru, sebuah suku yang dikenal sebagai Kerajaan Pembatuan, yang memiliki perangkat yang digunakan untuk mengubah dunia menjadi batu 3700 tahun yang lalu.
Kejadian tersebut meningkat menjadi Perang Batu antara Kerajaan Ilmu Pengetahuan pimpinan Senku, yang mendapatkan sekutu yaitu suku manusia yang rupanya adalah keturunan ayahnya dan lima astronaut yang kembali ke Bumi setelah proses pembatuan, dan Kekaisaran Kekuatan yang didirikan Tsukasa dengan cara menghidupkan kembali orang-orang kuat yang menjadi batu. Setelah Kerajaan Ilmu Pengetahuan Senku menang, mereka akhirnya menghadapi musuh baru, sebuah suku yang dikenal sebagai Kerajaan Pembatuan, yang memiliki perangkat yang digunakan untuk mengubah dunia menjadi batu 3700 tahun yang lalu.
